Mathilde er en ung, fransk doktor som befinner seg på et fransk Røde Kors-sykehus i Polen i 1945, hvor oppgaven er å hjelpe franske overlevende etter krigen. Hun er derfor i utgangspunktet motvillig til å hjelpe en polsk nonne som oppsøker henne for hjelp. I all hemmelighet lar hun seg smugle inn i klosteret hvor nonnene prøver å skjule de grufulle hendelsene etter den såkalte frigjøringen av Polen. Med Agnus Dei har Anne Fointaine laget en sober og rystende skildring av de ulike troskrisene som oppstår når Guds hus blir herjet av krigens redsler. Filmen er basert på en virkelig hendelse og føyer seg inn i rekken av sterke krigsfilmer som skildrer hvordan overgrep også ble begått av den vinnende parten.