Havet brenner utspiller seg på Lampedusa i Middelhavet. Øya er selve brennpunktet for Europas møte med flyktningkrisen, og et samfunn der innbyggerne alltid har måttet leve med havets farer. Filmens hovedperson, tolv år gamle Samuele, betrakter dramaet på avstand. Er det noen sammenheng mellom Samueles mystiske helseplager og situasjonen på Lampedusa? Hvordan er det å bo på en øy der mennesker på flukt ankommer i hopetall, eller dør og forliser i forsøket? Havet brenner gir ingen bombastiske svar. I stedet skildrer den livet og menneskene på øya med slående bilder, sterke scener, lun humor og en aldri sviktende humanisme.