Den unge gutten Kubo forsørger seg og den syke moren sin ved å opptre på landsbyens marked. Han forteller storslagne eventyr og heltesagn ved hjelp av det magiske instrumentet sitt. Men han vet ikke at moren hans egentlig er datteren til Månekongen, og at hun flyktet fra farens rike da Kubo ble født fordi hun var forelsket i et menneske. Nå vil Månekongen ha Kubo tilbake, og han sender morens to skumle tvillingsøstre for å hente ham hjem igjen. Det eneste som kan gi Kubo styrke til å stå imot Månekongen, er den magiske rustningen til faren – den største samuraien verden noensinne hadde sett. Godt hjulpet av sine to følgesvenner, en påpasselig apekatt og en klumsete bille, må Kubo legge ut på en eventyrlig reise for å finne delene til rustningen.