Lille Amélie forteller historien om en belgisk jente født i Japan, som tilbringer sine første år i nesten total stillhet, og observerer verden med den rolige avstanden til en selverklært guddom. Fordypet i japansk kultur opplever hun livet som levende sanseinntrykk, og danner et dypt bånd med sin hengivne barnepike, som veileder henne gjennom språk, følelser og mysteriene rundt menneskelig kontakt. Etter hvert som Amélie gradvis våkner til tale, tanke og selvinnsikt, oppdager hun skjønnheten, undringen og den uunngåelige sorgen ved tilværelsen. Gjennom humor mediterer historien over barndom, minner, identitet, kulturell forskyvning og det delikate øyeblikket når uskyld forvandles til bevissthet, og fanger et unikt portrett av et barns indre verden.