Totto-chan er en livlig syv år gammel jente, men hennes oppførsel er ikke i tråd med de strenge skolereglene. Når denne "begeistringen" fører til at hun blir utvist fra den lokale offentlige skolen, begynner hun på en ny type skole hvor barna får frihet til å utforske det du vil. I motsetning til andre skoler, så er denne bygget i jernbanevogner stilt opp i en hage, med klasserom laget av gjenbrukte togvogner. Skolen vektlegger læring gjennom utforskning og kreativitet. Totto-chan blomstrer her, oppdager en kjærlighet for læring, får venner og deltar i praktiske aktiviteter – selv mens Japan synker dypere inn i Andre verdenskrig. Dette er en vakker film som fanger essensen av barndommen, men også den smertefulle virkeligheten om krig.